新疆农业职业技术学院王牌专业排名有园艺技术专业、种子生产与经营专业、农村能源与环境技术专业、畜牧兽医专业、农畜特产品加工专业等，以下是具体专业名单，供同学们填报志愿参考，专业如有变化，当以院校最新公布为准。
新疆农业职业技术学院王牌专业排名
双高计划高水平专业群建设名单：畜牧兽医、种子生产与经营
全国职业院校装备制造类示范专业点：农业装备应用技术
国家示范高职院校重点建设专业：园艺技术专业、农村能源与环境技术专业、农畜特产品加工专业、畜牧兽医专业、种子生产与经营专业
高等职业教育创新发展行动计划（2015—2018 年）认定骨干专业：园艺技术、食品加工技术、水利工程、商务管理、计算机网络技术、软件技术、会计、畜牧兽医、农产品加工与质量检测、种子生产与经营、药品生产技术、园林工程技术、机电一体化技术、商务英语、电子商务、动物医学
自治区级特色专业：农产品加工与质量检测、计算机网络技术、化工生物技术
自治区级重点专业：农业装备应用技术
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