长春工程学院王牌专业有土木工程，电气工程，工程与环境安全，管理科学与工程，动力工程及工程热物理，复合光电材料技术与工程等。
| 长春工程学院“十三五”校级重点学科 | |||
| 序号 | 学科名称 | 学科代码 | 校重点学科类型 |
| 1 | 土木工程 | 814 | A |
| 2 | 水利工程 | 815 | B |
| 3 | 电气工程 | 808 | B |
| 4 | 机械工程 | 802 | B |
| 5 | 管理科学与工程 | 1201 | B |
| 6 | 工程与环境安全 | 新兴交叉学科 | B |
| 7 | 工商管理 | 1202 | C |
| 8 | 计算机科学与技术 | 812 | C |
| 9 | 地质资源与地质工程 | 818 | C |
| 10 | 动力工程及工程热物理 | 807 | C |
| 11 | 化学 | 703 | C |
| 12 | 大数据科学与工程 | 新兴交叉学科 | C |
| 13 | 环境科学与工程 | 830 | C |
| 14 | 建筑学 | 813 | C |
| 15 | 复合光电材料技术与工程 | 新兴交叉学科 | D |
| 16 | 设计学 | 1305 | D |
| 17 | 外国语言文学 | 502 | D |
| 18 | 马克思主义理论 | 305 | D |
| 吉林省“十三五”特色高水平学科 | |||
| 学科代码 | 优势特色学科类型 | 学科代码 | 优势特色学科类型 |
| 1 | 土木工程 | 814 | A |
| 2 | 电气工程 | 808 | B |
| 3 | 管理科学与工程 | 1201 | B |
| 4 | 机械工程 | 802 | B |
| 5 | 水利工程 | 815 | B |
| 6 | 工程与环境安全 | 新兴交叉学科 | |
